Структура ФГБУ «Саратовская МВЛ» утверждена 4 июля 2011 года и включает в себя:
— административно-управленческий персонал
— финансово-экономический отдел (бухгалтерия)
— организационно-правовой отдел
— отдел программного обеспечения и защиты информации
Производственные отделы:
— отдел бактериологии, паразитологии и микологии
— отдел генодиагностики и иммуноферментного анализа
— отдел серологии и диагностики лептоспироза
— отдел патоморфологии и приёма материала
— отдел стандартизации и метрологии
— отдел фитосанитарной экспертизы
— отдел химических исследований
— отдел агрохимического анализа
— отдел вирусологии и гематологии
— отдел хозяйственного обеспечения