Структура ФГБУ «Саратовская МВЛ» утверждена и включает в себя:
- Директор
- Заместитель директора по общим вопросам
- Заместитель директора по диагностике
- Заместитель директора по фитосанитарной экспертизе
- Административно-управленческий персонал
- Финансово-экономический отдел (бухгалтерия)
- Организационно-правовой отдел
- Отдел компьютерного обеспечения и защиты информации
- Отдел кадров, охраны труда и делопроизводства
- Сектор хозяйственного обеспечения
Производственные отделы:
- Отдел инспекции
- Отдел приeма материала, планирования и отчетности
- Отдел ветеринарно-санитарной экспертизы
- Отдел бактериологии, паразитологии и микологии
- Отдел серологии и генодиагностики
- Отдел патоморфологии и приема материала
- Отдел стандартизации и метрологии
- Отдел фитосанитарной экспертизы
- Отдел химических и радиологических исследований
- Отдел лабораторных животных
- Отдел вирусологии и гематологии
- Отдел биохимических исследований